La Commission scolaire est dirigée par un conseil constitué de 21 commissaires élus au suffrage universel par la population et de 2 commissaires-parents représentant les ordres d'enseignement primaire et secondaire. Les commissaires élus le sont pour un mandat de quatre ans et les commissaires parents sont désignés par le Comité central de parents pour un mandat d'un an. Les dernières élections scolaires ont eu lieu à l'automne 2007.
Le Conseil des commissaires détermine les grandes orientations, les objectifs, les priorités et les valeurs que privilégie la Commission scolaire. Il adopte les grandes politiques pédagogiques et administratives, définit les paramètres généraux et les modes de fonctionnement, administre les ressources disponibles en les répartissant équitablement, évalue les résultats des opérations et s'assure du respect des lois et règlements.
Le Conseil se réunit à l'occasion de 10 séances ordinaires statutaires par année. Toutes les séances ordinaires, ainsi que toutes les séances d'ajournement ou extraordinaires pouvant s'ajouter, sont publiques. La population est invitée à assister à ces réunions, où elle dispose d'ailleurs d'une période de question. Le résumé des décisions prises dans le cadre de ces séances est présenté dans l'édition mensuelle de L'Aperçu des dossiers traités .
