L'école Jonathan est dédiée à la pédagogie alternative. Ainsi, le modèle éducatif préconise le développement global de l’enfant à travers les expériences qu’il choisit de vivre. Chaque enfant détermine les projets qu’il planifie et les ateliers auxquels il s’inscrit. Par ses choix, il apprend à mieux se connaître et développe sa créativité, ses capacités intellectuelles, son esprit d’organisation et son sens de la coopération. Les parents s’impliquent dans la gestion de l’école à travers une dizaine de comités et, dans la vie quotidienne, par leur participation à des ateliers offerts aux enfants.
