La Commission scolaire Marguerite-Bourgeoys est régie par des instances politiques (Conseil des commissaires) et administratives (12 services éducatifs et administratifs regroupés sous une direction générale et cinq directions générales adjointes) qui assurent la gestion de la Commission scolaire et en garantissent le bon fonctionnement.
Direction générale Yves Sylvain, directeur général Jean-Pierre Bédard, directeur général adjoint - Réseau A Louise Gaudreault, directrice générale adjointe - Réseau D Richard Guillemette, directeur général adjoint - Réseau B France Lemay, directrice générale adjointe - Réseau C Wojtek Winnicki, directeur général adjoint - Centres, formation générale, formation professionnelle
