La Commission scolaire Marguerite-Bourgeoys est régie par des instances politiques (Conseil des commissaires) et administratives (12 services éducatifs et administratifs regroupés sous une direction générale et cinq directions générales adjointes) qui assurent la gestion de la Commission scolaire et en garantissent le bon fonctionnement.
Direction générale Yves Sylvain, directeur général Louise Gaudreault, directrice générale adjointe - éducation préscolaire et ordre primaire (réseau 1) France Lemay, directrice générale adjointe - éducation préscolaire et ordre primaire (réseau 2) Pierre Meloche, directeur général adjoint - ordre secondaire, ressources pédagogiques et services complémentaires et d'adaptation scolaire Wojtek Winnicki, directeur général adjoint - centres, formation générale, formation professionnelle France Pilon, directrice générale adjointe - écoles spéciales et services administratifs et services aux entreprises
